Trước khi sự kiện Tranh chấp Biển Đông giữa Việt Nam với Trung Quốc năm 2011 diễn ra gần 1 năm, trả lời phỏng vấn đài VOA về cuộc tranh chấp chủ quyền Biển Đông, Cù Huy Hà Vũ từng cho rằng tham vọng của Trung Quốc ở Biển Đông là "quá rõ ràng" với sơ đồ gồm 9 đoạn hình "lưỡi bò",[43] và đồng hành quân sự với Hoa Kỳ để đối phó với Trung Quốc là "mệnh lệnh của thời đại".[44]

Ông Vũ cho rằng chủ nghĩa cộng sản Trung Quốc sau khi Đông Âu sụp đổ đã biến tướng thành chủ nghĩa đế quốc cổ điển hay chủ nghĩa Tân Đại Hán với đặc trưng là sự bành trướng lãnh thổ[44] và Trung Quốc đang trở thành mối đe dọa quân sự có tính toàn cầu,[44] nên Việt Nam không thể "tự lực cánh sinh" mà phải dựa vào liên minh quân sự với cường quốc hạt nhân khác.[44] Hiện nay lực lượng phòng thủ biển của Việt Nam là vô cùng yếu kém, "bằng chứng là Quốc hội Việt Nam đã buộc ngư dân phải tự bảo vệ mạng sống của họ khi ra khơi"; trong khi đó chi quá nhiều tiền vào quốc phòng và mua sắm phương tiện chiến tranh sẽ đẩy Việt Nam vào khủng hoảng kinh tế sâu sắc.[43]

Theo ông Hà Vũ, nếu không có các quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa thì sẽ không có đường lưỡi bò, do vậy Trung Quốc phải chiếm hữu hai quần đảo này của Việt Nam bằng mọi giá; và để đối phó với việc Trung Quốc xâm lược lãnh thổ Việt Nam như đã làm vào năm 1974 ở Hoàng Sa, và năm 1988 ở Trường Sa, Cù Huy Hà Vũ cho rằng liên minh quân sự với Mỹ sẽ giúp Việt Nam khẳng định và bảo vệ thành công chủ quyền của mình đối với quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa.[44] Liên minh quân sự giữa Việt Nam và Mỹ theo ông Vũ sẽ có bản chất tương tự như liên minh song phương hiện có giữa Nhật, Hàn Quốc, Đài Loan, Philippines, Thái Lan với Mỹ.[44]

Về phía Mỹ, Cù Huy Hà Vũ phân tích rằng liên minh quân sự với Việt Nam sẽ giúp Mỹ có điều kiện hoàn tất chiến lược quân sự Đông Á của mình, và khép kín "vành đai" ngăn chặn bành trướng trên biển của Trung Quốc được cấu thành bởi các liên minh quân sự hiện hữu giữa Mỹ với Nhật Bản, Hàn Quốc, và Đài Loan.[43]

Cù Huy Hà Vũ từng đấu tranh để đòi lại Đàn Âm hồn – Đài liệt sĩ chống ngoại xâm đầu tiên của Việt Nam, và đề nghị công nhận liệt sĩ cho các chiến sĩ Việt Nam Cộng hòa đã hy sinh khi đánh nhau với Trung Quốc ở Hoàng Sa năm 1974.[14][45]